Le diocèse catholique de Gikongoro a été érigé canoniquement le 30 mars 1992 par le pape Jean-Paul II et détaché du diocèse de Butare par le décret n° 3307/92. Il a obtenu la personnalité juridique par l’arrêté ministériel n° 296/05 du 1er octobre 1992, publié au Journal officiel n° 23 (Bis) du 15 décembre 1992. Ses statuts ont été révisés par l’Assemblée Générale du Diocèse en date du 27/03/2013, pour être adaptés à la Loi N˚ 06/2012 du 17/02/2012 sur l’organisation et le fonctionnement des Organisations fondées sur la Religion au Rwanda.