La Caritas du Diocèse de GIKONGORO compte 3 Départements: Œuvres Socio-Caritatives , Santé et Développement.
Le département des Œuvres Socio-Caritatives s’occupe de l’assistance sociale aux vulnérables et indigents.
Le département de Santé s’occupe de la Coordination des activités des 12 FOSA du Diocèse
Le département de développement s’occupe des activités visant le bien-être social et le développement de la population en général
Chaque département a un coordinateur propre et tout est coiffé par le Directeur de la Caritas Diocésaine